Германия XVII-го столетия. 30-летняя война и чума сделали 13-летнего мальчика по имени Крабат сиротой. В поисках крова и еды, он таинственным образом попадает на мельницу, где становится учеником ее хозяина.

Фильм нам расскажет о том, как сформировались профессор Ксавье и Магнито, о процессе основания школы Ксавье для детей-мутантов и, наконец, о том, что же произошло между двумя закадычными друзьями и почему они расстались.