Постигающий искусство ниндзюцу - Кейси, прибывает в Нью-Йорк, где должен защитить Бицу - сундук из стали. В сундуке хранится древнее оружие последнего из клана ниндзя - Кога.

Оно начинается... Инопланетное вторжение... Но пришельцы не удачно выбрали район для своей посадки! Ведь пацаны, которые тут живут, это реальные пацаны, и им ничего не страшно, и они не любят чужаков на своей территории.

Человечество развивалось и процветало до того момента, когда из глубин океанов не появились огромных размеров чудовища, их назвали "Кайдзу". В этой войне счет жертв должен был исчисляться миллионами жизней за несколько лет практически уничтожить человечество. Для противодействия чудовищам были созданы специальные огромные роботы, которых именуют как "Джагеры".

Гари Лейн пытается противостоять страшному вирусу, который уничтожил большую часть живых людей на планете. Но его главным соперник является не уже зараженные, а время, которое неумолимо истекает...

Во второй части отряд «G.I. Joe» вновь объявит вызов группировке «Кобра» и вступит в противостояние с правительством…